Par ailleurs, la structure chimique de l'« armature » du nucléotide de l'ARN est légèrement différente de la structure de celle de l'ADN. L' armature de l'ADN contient des molécules de sucre désoxyribose (d'où le D dans ADN) et celui de l'ARN des molécules de sucre ribose (d'où le R dans ARN).

Trois des quatre bases azotées pouvant se lier à l'armature de l'ARN sont les mêmes que celles pour l'ADN. Tout comme l'ADN, les nucléotides de l'ARN peuvent avoir des bases de guanine (G) et de cytosine (C) et tout comme dans les nucléotides d'ADN, le guanine s'associe (se lie) à la cytosine (G-C). Une troisième base que l'on retrouve dans l'ARN - adénine (A) - est également la même que dans l'ADN. Mais au lieu de la thymine (T), l'ARN comporte de l'uracile (U) qui se lie à l'adénine (U-A).